Sein ältester Sohn ist der am 20.12.1631 in Guxhagen geborene Konrad Knöpfel, der einen großen Sprung nach vorne macht: er tritt in einen gelehrten Beruf ein. Am 15.11.1651 wird er an der damaligen Universität Kassel immatrikuliert und 1653 dann an der Universität Marburg. Am 27.6.1657 wird er zu Breitenau mit Christine Rüdiger, der am 5.8.1640 in Melsungen geborenen Tochter des Pfarrers von Breitenau, Härtung Rüdiger, getraut. 1659 wird er Adjunkt des Pfarrers Gundelach in Neuenbrunslar, 1660 Pfarrer in Wolfershausen. 1676 kommt er als Nachfolger seines Schwiegervaters Härtung Rüdiger als Metropolitan nach Melsungen. 1691 stirbt seine Ehefrau, und Konrad Knöpfel verheiratet sich zum zweiten Mal, mit Anna Barbara Eißelin am 27.3.1695. Am 16.8.1700 wird er Gevatter bei einem Kind seiner Tochter Katharina Elisabeth, die am 4.3.1700 in Melsungen den Candidaten Johann Heinrich Möller (1676-1718) geheiratet hat. Am 25.9.1700 stirbt Konrad Knöpfel in Melsungen, fast 69 Jahre alt. 1703 stirbt auch seine zweite Frau.

Insgesamt hatte der Metropolitan von seiner ersten Frau elf Kinder. Da ist zunächst Hartmann Knöpfel, 1660 zu Wolfershausen geboren, 1679 an der Universität zu Marburg immatrikuliert, 1692 Pfarrer in Dörnhagen, nach 1709 verstorben.

Sein Bruder Johann Konrad Knöpfel, 1662 zu Wolfershausen geboren, 1680 an der Marburger Universität immatrikuliert, wird Proviantkommissar in der hessischen Festung Rheinfels bei St. Goar, er war mit einer Türkiesin verheiratet, er starb vor 1721.

Es folgt Ottilie Knöpfel, 1664 geboren zu Wolfershausen, sie heiratet am 3.5.1682 in Melsungen Andreas Itter, Vogt zu Merxhausen.

Ihr folgt der etwa 1668 in Wolfershausen geborene Werner Knöpfel, der 1686 Theologie zu Marburg studiert und später Pfarrer zu Liebenau wird.

Ihm folgt Susanne Christine Knöpfel, 1672 geboren, verheiratet in erster Ehe mit Andreas Kornemann, Pfarrer zu Dagobertshausen, und 1699 in zweiter Ehe verheiratet mit Pfarrer Hermann Geißell in Wollrode; sie ist die Urgroßmutter von Stadtschreiber Tills Ehefrau Martha Elisabeth Wittich.

Ihr folgt die 1673 geborene Katharina Elisabeth Knöpfel, die am 4.3.1700 den Candidaten Johann Heinrich Möller in Melsungen heiratet; dieser Ehe entstammen sechs Kinder.

Möller stirbt am 2.5.1718 als Kaplan in Melsungen.

Ihr folgt die 1674 in Wolfershausen geborene Anna Dorothea Knöpfel, die in der Reuter-Knöpfel-Stiftung bedacht wird; sie stirbt nach 1721.

1677 wird in Melsungen Johann Daniel Knöpfel geboren, er stirbt noch im selben Jahr. Sein Gevatter ist Martin Wittich (1644-1716), dessen Grabstein noch heute an der Nordwand des alten Melsunger Friedhofs zu sehen ist.

Ihm folgt der am 15.2.1678 in Melsungen geborene Johann Georg Knöpfel, dessen Gevatter der Bruder des Vaters, Pfarrer Johann Georg Knöpfel aus Dörnhagen, gewesen war, er soll Feldscher (Wundarzt) und Kammerdiener einer Zarin in Moskau gewesen sein.

Ihm folgt der am 13.8.1679 in Melsungen geborene Johann Konrad Knöpfel, dessen Gevatter Schultheiß Konrad Brandau war; über sein weiteres Leben ist nichts bekannt.

Als letztes Kind des Metropolitans Knöpfel wird am 16.3.1682 Katharina Christine Knöpfel in Melsungen geboren, deren Gevatterin die Schwester des Vaters, Katharina Christine Knöpfel, gewesen ist. Dieses Kind stirbt aber schon am 25.2.1684 in Melsungen.

Von weiteren Nachkommen gibt es nur Nachrichten über Kinder von Hartmann, Johann Konrad und Werner Knöpfel.