dort eintraf, stellte er mit Unbehagen fest, dass in seiner Wohnung und Teilen der Universität Franzosen einquartiert worden waren, die Gehälter der Universitätsangestellten ausblieben und ein geregelter Universitätsbetrieb nicht mehr möglich war. Die blühende Residenz- und Universitätsstadt hatte sich in eine überfüllte und unsaubere Festungsstadt gewandelt. Er verhielt sich äußerlich politisch neutral und war bemüht, seine wissenschaftlichen Arbeiten fortzusetzen, womit er in Widerstreit zu Forster geriet, der bald eine führende Position unter den Revolutionären einnahm. Die gegensätzlichen politischen Anschauungen und Handlungsweisen führten Anfang 1793 zum Bruch der Freundschaft, worunter beide später sehr litten. Am 10. Dezember 1792 verließ Soemmerring Mainz, um mit seiner Frau in Frankfurt zu leben. Nach der Kapitulation der französischen Truppen am 23. Juli 1793 kam er ungeachtet aller Verbote bereits am Folgetag nach Mainz und fand dort entgegen seiner Erwartungen Haus und Präparate unversehrt vor. Nun engagierte er sich sehr, wenigstens die privaten und wissenschaftlichen Unterlagen des Freundes zu ret­ten, dessen persönliches Schicksal ihn sehr betrübte. Getrennt von seiner auf Scheidung drängen­den Frau und seinen beiden Töchtern lebte Forster inzwischen als politischer Emigrant in Paris. Sein Tod am 10. Januar 1794 war für Soemmerring überaus schmerzhaft, worüber er sich nur mit Christian Gottlob Heyne (1729–1812), Forsters Schwiegervater, austauschen konnte. Als revolutionärer Demokrat wurde Forster in den deutschen Landen nun weithin geächtet und verfemt. Soemmerring versuchte, sein bisheriges Leben wieder aufzunehmen, doch hatten sich die Lebensbedingungen in Mainz grundlegend verändert. Auch kehrten der Kurfürst und mit ihm der Adel nicht auf Dauer zurück. Dafür dominierte nun das Militär und ein geregelter Universitätsbetrieb fand nicht mehr statt.
Direkt nach der Kapitulation der französischen Truppen hatte sich Soemmerring in Mainz mit Goethe getroffen und diesem seine Präparatesammlung gezeigt. Im anschließenden Briefwechsel spielte die Diskussion über Farbphänomene eine wichtige Rolle. Soemmerrings anatomisch-physiologischen Augenuntersuchungen beeinflussten Goethe bei der Ab­fassung seiner Farbenlehre. Im August 1794 erhielt Soemmerring einen Lehrauftrag für Anatomie am St. Georges-Hospital

Darstellungen der Zunge aus Soemmerrings „Abbil­dun­gen der menschlichen Organe des Geschmackes und der Stimme“, 1806 (Westpreußisches Landesmuseum, Warendorf)