Französisch einen Aufsatz über die Guillotine. Ausdrücklich widersprach er darin der These, dass sie einen sofortigen, schmerzlosen und somit menschenwürdigen Tod ermögliche, was vor dem Hintergrund des mannigfachen Einsatzes derselben zu heftigen Kontroversen führte.
Zusammen mit dem Stiftsarzt Georg Philip Lehr (1756–1807) setzte Soemmerring (auch gegen den Widerstand aus Ärztekreisen) in Frankfurt die Pockenimpfung durch Schutzimpfung mit Kuhpocken durch. Hierbei folgte er den 1798 veröffentlichten Forschungen des englischen Landarztes Edward Jenner (1749–1823) und legte dazu 1801 mit Lehr eine gemeinsame Schrift vor. Nach einer Rötelerkrankung starb am 11. Januar 1802 die geliebte „Betty“ in Soemmerrings Armen. Anschließend verließ er die Wohnung am Kleinen Hirschgraben und kaufte ein Haus am Rossmarkt, das er im November 1802 bezog. Er flüchtete sich in seine Arbeit und dachte auch bald daran, Frankfurt zu verlassen. Aufgrund seiner ausgezeichneten Reputation erhielt er schnell Angebote aus dem In- und Ausland, wobei er in Anbetracht seines fortgeschrittenen Alters eine rein forschende Tätigkeit der Lehre vorzog. Besonders attraktiv war ein Ruf an die Kaiserliche Akademie der Wissenschaften in St. Petersburg. Sein Zeichner Christian Koeck (1758–1818), mit dem er seit der Mainzer Zeit eng zusammenarbeitete, wechselte parallel nach Moskau.
Letztendlich nahm Soemmerring einen Ruf nach München an die Bayerische Akademie der Wissenschaften an. Seinen Sohn ließ er im Hause der mit seiner Frau verwandten Familie Bethmann-Hollweg, wo der spätere Mitbegründer der modernen Geographie, Carl Ritter (1779–1859), eine Stelle als Erzieher

Elektrischer Telegraph von Soemmerring, Originalapparat der zweiten, 1811 hergestellten Version (Deutsches Museum, München)