angenommen hatte. Zusammen mit seiner Tochter „Settchen“, der Magd Maria und Elisabeth Schacht (1783–1852) aus Marburg, seit Ende Mai 1802 als Aufwärterin in Soemmerrings Haus und später seine heimliche Geliebte, reiste er am 4. April nach München. In Offenbach traf er letztmalig seine alte Bekannte, die Schriftstellerin Sophie von La Roche­ (1730–1807). In Aschaffenburg lies er den Schädel seines Freundes Heinse exhumieren, den dieser ihm testamentarisch vermacht hatte. In München wurde er dem kurfürstlichen Minister Maximilian Joseph Graf von Mont­gelas (1759–1838) vorgestellt, einem der bedeutendsten Staatsmänner in der bayerischen Geschichte, der als Aufklärer und Reformer unter Kurfürst Maximilian IV. Joseph (ab 1806 König Max I. Joseph) wesentlichen Einfluss auf die Neugestaltung der Akademie genommen hatte. Ebenfalls 1805 wurde Soemmerrings langjähriger Freund, der Schriftsteller und Philosoph Friedrich Heinrich Jacobi (1789–1813), Akademiemitglied und 1807 deren Präsident. Da der Bau einer Anatomie nicht voran kam, wandte sich Soemmerring bald auch anderen Forschungsgebieten zu und erfand 1809 den Elektrischen Telegraphen – ein Meilenstein in der Geschichte der Kommunikation. Er forschte auf den Gebieten der Alkoholkonzentration und Weinveredelung sowie der Meteoritenkunde und knüpfte Kontakte zu den mechanisch-optischen Werkstätten von Reichenbach, Liebherr und Utzschneider. Dabei freundete sich der 1808 in den persönlichen Adelsstand erhobene Ritter Samuel Thomas von Soemmerring mit dem Optiker und Physiker Joseph Fraunhofer (1787–1826) an. Nachdem er sich bereits in Kassel mit Camper und dem Schriftsteller und Naturforscher Johann Heinrich Merck (1741–1791) über paläontologische Fragestellungen ausgetauscht hatte, avancierte er in München zum führenden Paläontologen der Akademie, wofür er die zahlreichen Fossilien in den dortigen Sammlungen nutzte. Mit Georges Leopold Baron de Cuvier (1769–1832), Professor am Pariser Naturhistorischen Museum und Begründer dieser jungen Wissenschaft, stand er in regem Austausch und diskutierte mit ihm über Funddeutungen. Seine wichtigsten Publikationen behandelten einen Flugsaurier (1810), den er für eine Fledermausart hielt und ein fossiles Krokodil (1817).
Insbesondere die zermürbenden Querelen unter den Wissenschaftlern, die als „Streit um die Nordlichter“ in die Akademiegeschichte eingingen, aber auch die politischen Umstände (Bayern war ein Bündnis mit dem von Soemmerring verhassten Napoleon eingegangen), behinderten die Fortentwicklung der Akademie – Soemmerring fühlte sich in München

Soemmerring-Standbild in Frankfurt am Main (Institut für Stadtgeschichte, Frankfurt am Main)